Szpital rozpoczął swoją działalność 01.03 1952 r. w Elblągu ul. Amosa Komeńskiego 35 W okresie swojej działalności zmieniał nazwę z Garnizonowego Szpitala na 110 Szpital Wojskowy. Wiele lat funkcjonował jako Szpital Specjalistyczny w Elblągu. Obecna nazwa to Szpital Miejski św. Jana Pawła II w Elblągu.
W czerwcu 2016 r. Rada Miejska w Elblągu podjęła decyzję o połączeniu SPSZOZ Szpitala Miejskiego im. Jana Pawła II w Elblągu - ul. Żeromskiego z Elbląskim Szpitalem Specjalistycznym z Przychodnią przy ul. J.A.Komeńskiego. Od 1 grudnia 2016 r. obie jednostki funkcjonują w jednej strukturze pod nazwą Szpital Miejski św. Jana Pawła II w Elblągu.

1. W skład podmiotu leczniczego: Szpital Miejski św. Jana Pawła II w Elblągu wchodzą zakłady lecznicze podmiotu leczniczego:

   1)  Szpital Miejski, w którego skład wchodzą jednostki organizacyjne:

   a)   Szpital Miejski,

   b)   Medyczne Laboratorium Diagnostyczne,

   c)   Zakład Diagnostyki Obrazowej,

   2)  Przychodnia Szpitala Miejskiego, w której skład wchodzi jednostka organizacyjna:

   a)   Przychodnia Szpitala Miejskiego,

   3)  Zakład Opiekuńczo- Leczniczy, w którego skład wchodzi jednostka organizacyjna:

     a) Zakład Opiekuńczo - Leczniczy.

   4)Zakład Lecznictwa Psychiatrycznego Stacjonarnego, w którego skład wchodzi jednostka organizacyjna:

     a) Centrum Zdrowia Psychicznego – część szpitalna,

   5)  Zakład Lecznictwa Psychiatrycznego Ambulatoryjnego, w którego skład wchodzi jednostka organizacyjna:

   a) Centrum Zdrowia Psychicznego – część ambulatorium.

    

Zarząd: 

Dyrektor - lek. Mirosław Gorbaczewski 
Z-ca Dyrektora ds. Lecznictwa Zamkniętego – lek. Jacek Wójcik
Z-ca Dyrektora ds. Lecznictwa Ambulatoryjnego – lek. Dariusz Paulo
Z-ca Dyrektora ds. Pielęgniarstwa -  mgr Arletta Peplińska
Z-ca Dyrektora ds. Ekonomiczno-Finansowych/ Główny Księgowy – mgr Małgorzata Kościn 
Z-ca Dyrektora ds. Technicznych – mgr Maciej Latecki
Z-ca Dyrektora ds. Organizacyjno – Kadrowych – dr Ewa Pietryka

Obecnie szpital zatrudnia blisko 1000 pracowników w tym ponad 160 lekarzy i ponad 370 pielęgniarek i położnych - liczba personelu medycznego przekracza 800 osób.